Construir un Deck basado en monstruos "Ninja" no es una tarea sencilla, ya que no luchan por medios convencionales; las cartas del arquetipo "Ninja" giran en torno a estrategias poco inteligentes, basadas en el control en lugar de atacar en masa o enjambre.
En general, los Decks "Ninja" se pueden hacer de varias formas, pero dado que el soporte específico "Ninja" es escaso, la mayoría de sus efectos están lejos de ser devastadores, lo que los convierte en un Deck poco común. Sin embargo, pueden sobresalir contra Decks Stall que giran en torno a una carta titular en particular (que los "Ninja" son expertos en destruir). Las Carta de Trampa Ninjitsu Arte de la Transformación dan la capacidad a los "Ninja" de usarse con Decks "Valle Brumoso", "Caos", "Dragón", "Encierro Simorgh Oscuro" o "Monarca", entre otros.
Para jugar el arquetipo con efectividad, se debe considerar una gran variedad de monstruos. Por ejemplo, VIENTO y/o Bestia Alada en los Decks basados en ayudar a "Dama Ninja Yae", mientras que los monstruos de OSCURIDAD mantendrán el sigilo de "Ninja de Asalto". Otros todavía, como "Goe Goe" y "Ebisu" funcionan mejor juntos que solos. Idealmente, uno debe intentar usar monstruos que llenen varios nichos en un Deck; por ejemplo, "Simorgh Oscuro", que es de OSCURIDAD, VIENTO y Bestia Alada, apoya no solo al "Ninja" anterior y "Hanzo", sino que es un objetivo ideal para "Ninjitsu Arte de la Transformación". Continuando con esta idea, "Roc del Valle de la Neblina" puede volver al Deck una vez que es descartado por "Yae" para convertirse en su objetivo de transformación dentro del mismo turno.
"Ninja Armado" y "Ninja Escarlata" serán difíciles de usar en un Deck, ya que sus efectos son inferiores a los estándares actuales, y su bajo Nivel los hace malos objectivos para las Trampas de Transformación; en su lugar, son más útiles cuando se combinan con cartas como "Ninjitsu Arte de la Duplicación" y "Ninja Plateado Superior", las cuales les permiten enjambrar el Campo, listo para Voltear.
"Ninja del Dragón Blanco" es uno de los monstruos más fuertes de este arquetipo y está destinado a ser emparejado con "Súper Transformación" por medio de su propio efecto que protege la fila trasera del jugador que controla. Esta carta tiene una fuerte sinergia con "Zona Segura", debido a que será indestructible, aparte de ser devuelta a la mano del usuario por un efecto como "Gran Topo Neo Espacial". Algunos monstruos, como "Dragón Tirano" y "Dragón Fotónico de Ojos Galácticos", también tienen medios para eludir los efectos debilitantes de "Súper Transformación".
"Goe Goe, el Ninja Cortés" y "Ninja" en general reciben apoyo en forma de "Ninja Enmascarado Ebisu", que puede mandar Cartas Mágicas/de Trampa a la mano de tu adversario para realizar un ataque seguro y limpio. "Goe Goe" puede atacar directamente mediante el efecto de "Ebisu" (dos veces directamente si usa el efecto de "Ninja de la Armadura de Hojas" o múltiples "Goe Goe"), y posiblemente descartar cartas de su mano, incluidas las mandadas con "Ebisu".
Usa "Dama Ninja Yae" para devolver las cartas del adversario, y usa a "Goe Goe" o "Ebisu" para descartarlas. "Goe Goe" o "Ebisu" también se pueden usar como el coste de esta carta.
"Ninja del Dragón Rojo" crea un bucle: usando "Llamada de los Condenados" y "Halcón del Valle Brumoso", continuamente revives y destruyes a "Dragón Rojo" al devolver a tu mano a "Llamada de los Condenados" con "Halcón" cuando atacas. Una vez que el efecto de "Dragón Rojo" se active 2-3 veces, generalmente ganarás el juego.
Idealmente, Invoca a Ave Máxima del Valle Brumoso con "Transformación". "Ave Máxima", que puede negar una carta al devolverse a la mano, es perfecta para Invocar por Péndulo continuamente cada turno desde tu mano, permitiendo negar una carta cada turno y un ataque en masa. Usa su efecto para negar algo e Invocarlo por Péndulo más tarde. La fila trasera y el poder de robo de cartas ayudan. Las jugadas ofensivas primarias del Deck son Invocaciones Xyz de Rango 4, "Transformación" e Invocaciones de Péndulo.